fix(parser): Python module-level calls not extracted → false dead-code + rc undercount

[Wolfvin]

Mengapa (falsifiable — repro dijalankan 2026-07-13)

Fungsi Python yang dipanggil HANYA di module top-level dapat ref_count=0 / status=dead — panggilan module-level TIDAK menghasilkan edge di call graph. Ini bug #219 (module-level call extraction) tapi untuk parser Python; fix #219 hanya menyentuh js_backend/ts_backend parser (synthetic <file>:0:<module> source id), Python tak ikut.

Repro (scan file ini, cek backend.json):

def setup_app(): return 1
def helper(): return 2
def caller(): return helper()
setup_app()   # module-level call
caller()      # module-level call

Hasil aktual:

• setup_app: rc=0 status=dead (SALAH — dipanggil module-level)
• helper: rc=1 active (benar — dipanggil dari caller())
• caller: rc=0 status=dead (SALAH — dipanggil module-level)
• edges: HANYA caller->helper. Panggilan setup_app() & caller() di module-level → nol edge.

Konteks

Python core language CodeLens (proyek ini sendiri Python). Banyak script/bootstrap pakai module-level call (main(), app.run(), dsb). Semua false-flagged dead + rc undercount. Analog persis #219 yang sudah fixed untuk TS/JS via synthetic <file>:0:<module>.

Tujuan

Python parser extract module-level call (top-level statement yang memanggil fungsi) sebagai edge dgn synthetic source id <file>:0:<module> — FORMAT SAMA dgn TS/JS (is_module_level_source_id() di graph_model kenal), supaya trace --direction up juga tampilkan module-level caller (spt #223) dan rc benar.

Constraint

• Pakai format synthetic id SAMA <file>:0:<module> (jangan bikin format baru — graph_model.is_module_level_source_id() harus kenal).
• JANGAN buat fake node di graph_nodes (constraint fix(trace,impact): module-level callers invisible due to synthetic source_id, inconsistent with rc #223: SELECT COUNT(*) WHERE name='<module>' = 0).
• Jangan regres rc fungsi yang dipanggil dari body fungsi lain.
• Tambah golden case ke tests/test_graph_accuracy_golden.py (harness sudah punya pola TS setara — mirror untuk Python).

Definition of Done

• setup_app/caller (dipanggil module-level) → rc>=1, NOT dead
• trace --direction up setup_app tampilkan module-level caller (module_level=True)
• Golden test Python di test_graph_accuracy_golden.py (assert rc konkret + caller)
• Constraint anti-pollution: nol fake <module> node di graph_nodes
• Fungsi genuinely-dead Python TETAP terdeteksi (control)