fix(diff): node diff keyed by line-bearing id — adding a comment reports functions as added/removed and emits FALSE new_dead

[Wolfvin]

Mengapa (falsifiable — repro dijalankan 2026-07-17)

Ditemukan saat verifikasi #297 (edge-diff), bukan scope PR #298 — jadi tidak di-fix di sana.

_diff_backend() (scripts/diff_engine.py) mengunci node dengan n["id"]:

old_nodes = {n["id"]: n for n in old.get("nodes", [])}
new_nodes = {n["id"]: n for n in new.get("nodes", [])}

Node id memuat nomor baris (checkout.py:6). Akibatnya menambahkan satu komentar di atas file — tanpa menyentuh satu pun fungsi — membuat SETIAP fungsi di file itu dilaporkan ditambah DAN dihapus, plus new_dead / resolved_dead PALSU.

Repro terisolasi (graph identik, semua baris turun 5 karena komentar ditambahkan):

old = {'nodes':[{'id':'checkout.py:6','fn':'handle_checkout','file':'checkout.py','line':6,'ref_count':0,'status':'dead'},
                {'id':'checkout.py:12','fn':'send_receipt','file':'checkout.py','line':12,'ref_count':1,'status':'active'}],
       'edges':[{'from':'checkout.py:6','to':'checkout.py:12'}]}
new = {'nodes':[{'id':'checkout.py:11','fn':'handle_checkout',...,'line':11,...},
                {'id':'checkout.py:17','fn':'send_receipt',...,'line':17,...}],
       'edges':[{'from':'checkout.py:11','to':'checkout.py:17'}]}
_diff_backend(old, new)

Hasil aktual — perubahan nyata: NOL:

Field	Dilaporkan	Benar
added_nodes	['handle_checkout', 'send_receipt']	[]
removed_nodes	['handle_checkout', 'send_receipt']	[]
new_dead	['handle_checkout']	[] — fungsi ini sudah dead sejak sebelumnya, tidak "baru mati"
resolved_dead	['handle_checkout']	[]

Fungsi yang sama muncul di added_nodes dan removed_nodes sekaligus — tanda pasti kunci identitasnya salah.

Terverifikasi juga lewat CLI penuh pada workspace nyata: satu komentar header + satu rewire → impact --check diff melaporkan added: 3, removed: 3, new_dead: 2 padahal yang berubah cuma satu edge.

Konteks

• Ini penyakit yang sama persis dengan yang diperbaiki untuk edge di feat(diff): compare call-graph edges in snapshot diff — 25,876 edges saved to disk but never compared #297 / PR feat(diff): compare call-graph edges in snapshot diff (closes #297) #298. Perbaikannya sudah ada di file yang sama: _endpoint_key() → (file, impl_for, fn), terbukti menurunkan derau geser-baris dari 3.178 laporan palsu jadi 0 pada registry nyata 12.982 edge.
• Dampak paling serius: new_dead palsu. Agent yang membaca "fungsi X baru saja jadi dead" bisa menghapus kode hidup. Ini kelas bug yang sama dengan fix(parser): Go/Java/PHP call graph absent/broken → every function false-flagged dead #293 (Go/Java false-dead) dan fix(dead-code): JSX prop function references (onClick={fn}) not counted as usage → React handlers false-flagged dead #294 (JSX handler false-dead) — tool berbohong ke agent soal dead code.
• Kena juga: summary.added / summary.removed / summary.new_dead, dan impact --check diff --git-aware yang mengonsumsi jalur sama.
• Setiap PR yang memformat ulang / menambah docstring / menggeser import memicu ini — jadi kemungkinan besar SUDAH terjadi diam-diam selama ini.
• _diff_frontend() TIDAK kena: dia mengunci dengan c["name"], bukan id berbaris.

Tujuan

Node diff kebal geser-baris: hanya fungsi yang benar-benar muncul/hilang yang dilaporkan, dan new_dead hanya untuk fungsi yang benar-benar baru mati.

Constraint

• Pakai ulang _endpoint_key() dari feat(diff): compare call-graph edges in snapshot diff — 25,876 edges saved to disk but never compared #297 — sudah ada di file yang sama, sudah teruji, kuncinya sudah diukur (2.429 node: (file,fn) → 38 tabrakan; (file,impl_for,fn) → 9, dan ke-9 nya sudah ditandai duplicate_define). Jangan bikin skema identitas ketiga.
• Bentuk output tidak boleh berubah — added_nodes/removed_nodes/changed_nodes tetap {"name","file",...}. commands/diff.py, dashboard, formatter, MCP mengonsumsinya. Yang berubah cuma anggota daftarnya.
• Fungsi yang benar-benar pindah file harus tetap terhitung removed+added (file bagian dari kunci) — itu benar, bukan bug.
• Zero dead code. Command count tetap 12.

Definition of Done

• Geser baris murni (komentar ditambah) → added_nodes, removed_nodes, new_dead, resolved_dead semuanya kosong
• Fungsi yang benar-benar ditambah/dihapus tetap terdeteksi
• Fungsi yang benar-benar berubah dead → muncul di new_dead; yang sudah dead sejak awal → TIDAK muncul
• changed_nodes (ref_count/status) tetap bekerja lintas geser baris — sekarang node yang bergeser tak pernah dibandingkan sama sekali, jadi perubahan rc-nya luput
• Test regresi: gagal kalau kunci dikembalikan ke n["id"]
• Bentuk output tidak berubah; _diff_frontend tak regres; suite tak regres