Scientists Archive

一个以 Obsidian 为界面的科研人员与合作网络归档模板。

仓库只保存空模板、管线和示例输入；真实人物档案、论文 PDF、运行产物和研究报告应保留在本地，不提交到 GitHub。

能做什么

输入 1–20 个 arXiv/DOI 链接，管线会按以下链路生成本地 vault 数据：

1. 解析 seed → 论文元数据
2. 采集作者、代表论文和合作边
3. 按深度、合著次数、引用数和人数上限递归筛选
4. 生成 人物/ 档案与 关系图谱/ 网络
5. 生成覆盖率/孤点校验报告
6. 将本轮产物归档到 runs/<iter>/output/

默认管线使用 OpenAlex，并以 Semantic Scholar 作补充。若需避开 OpenAlex，可使用项目内的 scripts/s2_pipeline.py；该脚本也会生成同样的本地人物与合作图谱。

快速开始

cp inputs/seeds-1paper.json /tmp/my-seeds.json
# 编辑 /tmp/my-seeds.json；或将输入文件放入 inputs/ 后使用

env no_proxy='*' NO_PROXY='*' http_proxy= https_proxy= HTTP_PROXY= HTTPS_PROXY= \
  python3 scripts/pipeline.py \
  --seeds inputs/seeds-1paper.json \
  --iter 001

5 篇示例：

env no_proxy='*' NO_PROXY='*' http_proxy= https_proxy= HTTP_PROXY= HTTPS_PROXY= \
  python3 scripts/pipeline.py \
  --seeds inputs/seeds-5papers.json \
  --iter 002 \
  --max-depth 2 \
  --max-people 500

长任务在本地后台运行：

env no_proxy='*' NO_PROXY='*' http_proxy= https_proxy= HTTP_PROXY= HTTPS_PROXY= \
  nohup python3 scripts/pipeline.py \
  --seeds inputs/seeds-5papers.json \
  --iter 002 \
  > runs/002/worker.log 2>&1 &

运行前请阅读 AGENTS.md、QUEST.md 和 .agents/skills/scientists-archive/SKILL.md。

输入格式

{
  "seeds": [
    "https://arxiv.org/abs/1706.03762",
    "https://doi.org/10.xxxx/example"
  ]
}

支持：

• https://arxiv.org/abs/<id>
• https://doi.org/<doi>

超参通过启动 prompt 或 CLI 传入，不使用磁盘 task config：

• --max-depth：递归深度，默认 2
• --max-people：入库人数上限，默认 500
• perDepthRules、undergradFilter、portrait.segmentYears：由 worker 启动 prompt 按 QUEST.md 默认值解释

目录约定

人物/                 本地人物档案（Git 忽略）
关系图谱/              本地合作网络（Git 忽略）
论文/原文/             本地 PDF（Git 忽略）
reports/              本地校验报告与精读报告（Git 忽略）
runs/                 本地运行日志和快照（Git 忽略）
inputs/               可提交的脱敏示例输入
scripts/              可复用管线

模板中保留 .gitkeep，确保空目录结构在克隆后存在。运行生成的真实数据不会被 Git 追踪。

安全与隐私

• 不要提交人物档案、论文原文、运行日志、研究报告、API token 或浏览器 cookie。
• inputs/ 中只放公开且脱敏的 seed；个人任务输入建议放在 /tmp。
• 代理环境下运行 arXiv 请求时，使用上面的 no_proxy 前缀，避免系统代理返回错误页面。

验证

python3 -m py_compile scripts/pipeline.py
python3 scripts/pipeline.py --help

License

见 LICENSE。